免被它带到其他时空。
然而，命运的齿轮已经转动。
当大木雪成深入森林时，他目睹了雪拉比被一个宝可梦猎人追捕。雪拉比因刚刚穿越时空而体力耗尽，无力逃脱猎人的魔爪。
情急危难之时，大木雪成顾不得之前女子的忠告，急忙冲上前去抱起雪拉比，试图逃离。
然而，他们终究无法摆脱骑着摩托车的猎人。
最终，雪拉比透支了自己的体力，一道耀眼的白光闪过，大木雪成和雪拉比一同消失在时空的漩涡中。电影画面一转，时间线来到了40年之后，当初的宝可梦猎人已垂垂老矣。
一个戴着面具的宝可梦猎人听说他年轻时期抓捕雪拉比的事迹，于是过来逼问他关于雪拉比的情报。老头猎人被死死掐着脖子，就连他的班基拉斯也被面具猎人强行收服，家园被毁，最终被迫说出了雪拉比的情报。
看到这里，观众们纷纷感慨时间的重要性。
之前那个抓捕雪拉比的猎人，一转眼就成了其他人宰割的对象。
与此同时，画面切换到小智主角团。
小智一行人在森林中遇见了从过去穿越而来的大木雪成和虚弱的雪拉比。
然而，刚刚得到情报的面具猎人，也踏入了这片森林之中。
为了保护雪拉比，小智一行人与面具猎人在森林中展开了一场激烈的追逐战，最终摆脱了猎人的追捕，来到了生命之湖。
湖水的力量让雪拉比恢复了活力。
至此，故事开始温馨起来，雪拉比在空中欢快的飞舞，小智和大木雪成成为了好朋友，一同吃饭，彻夜长谈，聊着梦想，聊着未来，结下了跨越四十年的深厚友谊。
然而，第二天，面具猎人趁着小智等人放松警惕，有备而来，用黑暗球强行收服了雪拉比。小智和森林中的宝可梦们纷纷围了过来，试图解救雪拉比，然而，被黑暗侵蚀的雪拉比失去了理智，创造了一个巨大的巨人，狂暴的力量将森林摧毁殆尽。
全然诠释了什么叫黑化强十倍这个道理。
就在小智等人的危机时刻，水君现身，与众人共同抵抗面具男和黑化雪拉比。
最终，在小智、大木雪成以及森林中宝可梦们集体的“嘴遁”之下，雪拉比找回了自我，面具猎人的阴谋被粉碎。
但，或许是之前消耗了太多力量，又或是生命之湖遭到了感染，雪拉比的身体瞬间枯萎下去，就算是水君净化了整片湖水，雪拉比还是无法得到恢复。
眼看雪拉比的生命即将走到尽头，森林中的宝可梦们纷纷落泪。
就在绝望之时，天空裂开了一道缝隙，数只来自不同时空的雪拉比降临，它们共同施展力量，挽救了同伴的生命。
紧随其后，面具猎人最后的反扑也被小智化解。
故事最后，雪拉比发动穿越时空的能力，将大木雪成带回到了40年前。
看着雪拉比和大木雪成消失在自己面前，小智哽咽着低下了头，心中满是不舍。
他以为自己再也见不到大木雪成了，看到这里的观众们也都抿着嘴，心里闷得慌。
然而，就在故事最后，电影视角竟是神奇地来到大木研究所。
小健正在帮助大木博士整理屋子里的杂物。
忽然，一张大木雪成的照片“意外”露出。
观众们恍然大悟，原来大木博士全名叫做大木雪成！
而小智！更是被大木博士看着长大的！
电影到了这里，圆满结束。
影片在温馨的氛围中落下帷幕，留给观众无尽的回味。
时间或许会带走青春，但真挚的情谊和守护的信念，将永远跨越时空。